Los hechos referidos fueron asuntos civiles transitorios; otros de más alcance para el porvenir de Colombia preocupaban profundamente a Flores, y los vamos a reseñar a continuación. Es sobradamente conocido que una vez que se dio cima a la independencia de los países del Pacífico e intentó Bolívar mantener la iniciativa en la organización política y civil de estas naciones, los dirigentes de ellas se dividieron en pareceres y facciones irreconciliables, y disputaron la hegemonía del Libertador. Mientras se mantuvo la lucha armada contra el régimen español, existió notable unidad de criterio: el General Simón Bolívar ejercía el mando supremo y la primacía en los planes militares y civiles, investido de poderes extraordinarios. Mas, a raíz de la victoria de Ayacucho, ese poder discrecional fue restringido por el Congreso de Colombia (18 de julio de 1825), y se van perfilando las dos tendencias entre los llamados "liberales o republicanos", encabezados por Francisco de Paula Santander, y los "bolivarianos, godos o vitalicios" que secundaban las ideas del Libertador. Nace también el nacionalismo de los antiguos virreinatos y audiencias, el cual se presenta en algunas partes bajo tendencias federalistas. Desde 1826 a 1830 se van a enfrentar estas facciones en lucha Política y armada, no menos encarnizada que la empeñada con las tropas realistas en las décadas pasadas. El Comandante General de los departamentos del Sur, Juan José Flores, dio su apoyo ferviente a los proyectos del Libertador, encaminados a estructurar el gobierno y régimen de las naciones recién emancipadas. Estos proyectos bolivarianos son los siguientes, en líneas esquemáticas: PRIMERO: La redacción y aceptación de una Constitución definitiva para los países del Pacífico. Esta fue la Constitución Boliviana, dictada por Simón Bolívar en 1826. Dicha Constitución incluía, como punto esencial, un ejecutivo estable, una "monocracia", en vez del sistema demócrata alterno de tipo representativo y electivo. Además el robustecimiento del centralismo en el régimen, más bien que el federalismo provincial y fraccionario. SEGUNDO: Bolívar aspiraba a la formación de un gran estado, que se extendería desde Panamá y el Orinoco al Potosí, un Imperio de los Andes o Confederación Andina. Como táctica para la obtención de estos objetivos bolivarianos, Flores apoya el plan de investir a Bolívar de poderes dictatoriales permanentes, y aún de una auténtica corona real, respaldándose en la voluntad popular manifestada en los cabildos abiertos y en los pronunciamientos de notables de las cabeceras departamentales; y luego en el ejército dirigido por oficiales adictos al Libertador. Puso al servicio de estos ideales su influjo como militar y como gobernante, como escritor y periodista, y como hábil director de la opinión pública. Y en efecto, los historiadores reconocen que el Ecuador, Guayaquil y el Azuay constituyeron un firme soporte de las tesis bolivarianas, llegando al extremo de sacrificar sus recursos humanos y económicos por ellas.