Bolívar al llegar a Guayaquil de vuelta 'del Perú el 12 de setiembre de 1826, no se revistió de la dictadura que le ofrecían. Lo hizo más tarde, luego de Ocaña, cuando el movimiento fue seguido por otros departamentos del norte. ; Desde Ibarra escribió a Santander una carta confidencial comentando lo que halló en Quito y preparando el camino para sus planes. "No sé, —dice—, cómo no se han levantado estos pueblos y soldados, al considerar que sus males vienen de leyes absurdas ". Y prosigue dando razón a Guayaquil, Riobamba, Ibarra, en sus quejas y descontento. En cambio, pondera que en Solivia y el Perú todo marcha a las mil maravillas bajo la constitución Boliviana. "Las ideas del norte —de Cundinamarca— son demasiado turbulentas para este país. Los masones y la reforma de conventillos causan horror". Los calificativos a los jefes del Sur no son halagüeños, Murgueytio es inepto para el cargo de Intendente; Bárrelo una bestia. "Flores se ha hecho odioso por los masones y por amigo de Valdivieso, que ha robado al Departamento". (6-X-26) Igual que en esta carta, se menciona frecuentemente y de pasada la existencia y actividades de la masonería. Sería necesario conocer con exactitud los hilos secretos de esta trama para entender a cabalidad el por qué de más de un suceso de estos años.

El Dr. Julio Tobar Donoso, en su "Historia de la Iglesia en el Ecuador en el S. XIX", expone la actuación de la masonería en el Quito colombiano e informa que se inscribieron en las logias caballeros notables como Pedro José de Arteta; también dice que se suscitaron polémicas religiosas, sobre las cuales informaba a Santander el joven Coronel Flores. A más de esto se conserva un escrito, sin fecha, quizá de 1825, firmado por Juan J. Flores y Eusebio Borrero contra el canónigo Francisco Aguirre que predicó en la festividad de los Dolores de Nuestra Señora un sermón, alertando contra los peligros de la masonería que traería la división de la familia ecuatoriana y exponiendo que sobre esta sociedad secreta pesaba una condenación pontificia. Defienden los Coroneles a la masonería de la imputación de hipocresía y proyectos criminales. El que haya masones culpables, dicen, no vuelve culpable a la institución. Todo esto lo exponen con argumentos ad hominem. Afirman que su lucha es por la libertad contra el fanatismo. Dan una explicación curiosa de la condenación pontificia. Pasan luego al ataque personal: acusan al canónigo Aguirre de ser godo —sus hermanos habían luchado en las filas realistas—, y porque no había denunciado a masones españoles, cuando oficiales del Presidente Juan de la Cruz Murgeon —también masón— fundaron la primera logia masónica en Quito. (A.J. 1822-1830, Suplemento) El Presidente Libertador llegó a pensar de distinta manera, y expidió en noviembre de 1828 el siguiente decreto contra las sociedades secretas: República de Colombia. Número 168. Ministerio de Estado en el Departamento del Interior. Sección 3. Bogotá a 8 de noviembre de 1828.-18. Al Sr. Intendente del departamento del Ecuador. El Libertador Presidente ha expedido con fecha 3 del corriente el decreto que sigue: "Habiendo acreditado la experiencia, tanto en Colombia como en otras naciones, que las sociedades secretas sirven especialmente para preparar los trastornos políticos, turbando la tranquilidad pública y el orden establecido: que ocultando ellas todas sus operaciones en el velo del misterio, hacen presumir fundamentalmente que no son buenas y útiles a la sociedad, y por lo mismo excitan sospechas, y alarman a todos aquellos que ignoran los objetos de que se ocupan, oído el dictamen del consejo de ministros: DECRETO Art. 1. Se prohiben en Colombia todas las sociedades o confraternidades secretas, sea cual fuera la denominación de cada una. Art. 2. Los gobernadores de las provincias por sí y por medio de los jefes de policía de los cantones, disolverán o impedirán las reuniones de las sociedades secretas, averiguando cuidadosamente si existen algunas en sus respectivas provincias. Art. 3. Cualquiera que diere o arrendare su casa o local para una sociedad secreta, incurrirá en la multa de doscientos pesos y cada uno de los que concurran, en la de cien pesos por la primera y segunda vez; por la tercera y demás será doble la multa; los que no pudieran satisfacer la multa sufrirán, por la primera y segunda vez, dos meses de prisión: por la tercera y demás, será doble la pena. 1. Los gobernadores y jefes de policía aplicarán la pena a los contraventores haciéndolo breve y sumariamente, sin que ninguno pueda alegar fuero en contrario. 2. Las multas se destinan para gastos de policía bajo la dirección de los gobernadores de las provincias. El ministro secretario de estado del despacho del interior queda encargado de la ejecución de este decreto. Lo comunico a V.S. para que disponga su cumplimiento. Dios guarde a V.S. José M. Restrepo". (CG. No. 6) Más adelante, a 5 de diciembre de 1828, el Intendente de Bogotá, Pedro Herrán, declaró "conspiradores a los individuos que se reúnen en sociedades secretas, a los que proporcionaban el local de las reuniones, y a los que siendo sabedores del hecho no lo avisan a la autoridad". (Blanco yAzpúrua, Documentos, XII, 250) El Libertador fue fervorosamente ovacionado en Guayaquil, Quito y en las restantes ciudades, y mirado como la esperanza de su futuro bienestar; permaneció por un mes en el Sur, escuchando quejas, rectificando lo que era posible mejorar; conferenciando con sus amigos y haciendo planes trascendentales, como lo comprobamos por las cartas que dirigió desde el Sur a Santa Cruz, a Pedro Briceño Méndez y a Santander principalmente. Al llegar a Guayaquil esperaba que de inmediato el Cauca y otros departamentos descontentos con la constitución vigente le ofrecieran la dictadura: "La dictadura que me espera debe operar una transformación completa" (a Sta. Cruz, 4. IX-26), mediante la imposición y aceptación de la Constitución Boliviana, que, según él, respondía a los anhelos de sus partidarios, en todas partes. Y si este arbitrio fracasaba, entonces, dice a Santander, "entonces hay que consultar al pueblo —la fuente del poder— para que determine su futuro, a ver si prefiere hacer de Colombia tres o cuatro repúblicas, con la constitución vigente. Por otra parte, cada una de las secciones, Venezuela, Cundinamarca, Quito, tienen un espíritu diferente": no se podía mantener el centralismo ni la unidad. (14-X-26) Pero los otros departamentos no le ofrecieron la dictadura, por entonces; no se podía hablar de un plebiscito que le autorizara a dar ese paso; había que esperar otra ocasión. Esta fue la razón de que Bolívar no se revistiera de poderes discrecionales; y así no es ajustado el comentario de Restrepo, quien dice que "dejó burlados a sus partidarios sureños que habían atacado la oportunidad de la constitución de Cuenta ", y le habían nombrado dictador. Sin embargo si usó poderes discrecionales en el Sur, al decretar ascensos, conmutar sentencias, nombrar juntas o comisiones que estudiaran las soluciones al clamor general respecto de la hacienda, y otras disposiciones del gobierno y aún del Congreso del Centro. En efecto el clamor era general; las recaudaciones no bastaban ni siquiera a cubrir los gastos más urgentes de los tres departamentos. Su arbitrio fue nombrar sendas comisiones que examinaran el estado de la hacienda, y sugirieran soluciones que pasarían a consideración del ejecutivo de Bogotá. Bolívar dio importancia a este medio que venía usándose desde el siglo anterior, y fomentó las asociaciones de "amigos del país" y las de beneficencia; creía que así se obtendría la pluralidad, dentro de la unidad del gobierno; objetivo que habían buscado también las antiguas audiencias. Sucre no participaba del optimismo de Bolívar: "A decir a Ud. mis opiniones sobre la comisión que Ud. ha dejado a Pérez en el Sur, me prometo poco; ¡o único que saque será que vean los pueblos que se les consulta para buscarle sus mejoras. Estas juntas nunca hacen nada, si no se les paga, ni asisten a las sesiones". (12-XII-26) Flores formó parte con Manuel Rada, los doctores Malo, José Lequerica y Manuel Carrión, de la comisión del Azuay. Hay indicios de que fue el único que presentó su estudio, y lo remitió a los 20 días de expedido el decreto ejecutivo. Lo sintetiza en la carta de 29 de octubre de 1826, y en las siguientes. Bolívar le contesta: "Ud. me da noticias muy detalladas sobre el estado de esos departamentos; y me sugiere ideas a la verdad, muy exactas". Al mes siguiente, el Libertador adoptó buena parte de las sugerencias floreanas, y les dio fuerza de ley. Quizá se deba a J.J. Flores el análisis de las riquezas y estadísticas del Azuay, las únicas que publicó la GACETA DE COLOMBIA, No. 372.

Las propuestas de Flores en materia económica fueron las siguientes; 1. Que se cambie el sistema de tributación, en beneficio del fisco tan venido a menos por los gastos militares, y las deudas interna y externa. 2. Que se establezca la contribución personal fija, pagada por los varones en edad de producir con su trabajo. 3. Que se mantenga la llamada Contribución Directa, aunque rebajada a la mitad. Esta contribución consistía en un impuesto sobre la renta, sobre los bienes raíces, semovientes, productos, capitales etc. La renta superior a 150 pesos pagaba el 2%; la superior a mil, el 3. Las propiedades tributaban el 5 y aun el 10%. Se calculaba que este impuesto era diez veces superior al predial de la Colonia. Pero no era fácil ni segura su recolección. 4. Anota el General que algunos proponían que se derogase la contribución directa; que bastaba la personal. Lo proponen, dice, los propietarios; a quienes respondió: "Que para consentir en semejante locura era menester faltar a las reglas de la justicia; que igualar en los impuestos a un miserable indígena con un rico propietario es un absurdo grosero; que el hombre paga por su industria personal, y los fundos y propiedades pagan aparte; que lo más que podía hacerse era rebajar a la mitad la contribución que ahora se llama directa; porque efectivamente es onerosa a los pueblos, y la ley que la acuerda malamente calculada ". (Cuenca, 29-X-26) 5. Aconseja que se promulgue la nueva capitación junto con la reforma que mitigaba la Contribución Directa, para que el pueblo lo reciba favorablemente. 6. Advierte que el numerario era escaso, siempre lo había sido. Estima que la aduana de Guayaquil podía dar alguna solución, si se subían los derechos a la importación de géneros que producía el país, como azúcar, harina, cebos. Otras personas importantes hablaron de que mejoraría la economía si se disminuía la burocracia, mediante la supresión de las provincias de Manabí, Chimborazo, Imbabura, y la Corte de Justicia de Guayaquil. Acotó Bolívar: "Yo también lo digo, así es, son inútiles y perjudiciales ". (a Santander, 8-X-26) Y en efecto las suprimió, a 24 de noviembre del 26, una vez que asumió las facultades discrecionales junto con la presidencia de la República.