A raíz de la batalla de Tarqui, Sucre uplicó al Libertador que venía acercándose a Quito, que le relevara de su cargo de Jefe General del Sur: "Me lisonjeo con la esperanza de que a la llegada de Ud. me sacará del destino que momentáneamente acepté por senir a la amistad de Ud. y de la Patria. Cada día crece mi repugnancia por los destinos públicos". (11-III-29) Y lo siguió repitiendo y suplicando en otras cartas. A eso se añadió la necesidad de ausentarse, porque debía concurrir al congreso de Bogotá. Accedió el Libertador y lo reemplazó con el General Flores, por este decreto: "Simón Bolívar Libertador Presidente de Colombia, etc. "Habiendo cesado en sus funciones el Prefecto General de los Departamentos del Ecuador, Guayaquil y Azuay, por haber sido elegido al Congreso Constituyente: He venido, en uso de la autoridad que ejerzo, en decretar lo siguiente: 1. El General de División Juan José Flores queda nombrado Prefecto General del Distrito del Sur. 2. Su jurisdicción militar será extensiva al Departamento del Cauca, en cuanto a la seguridad y tranquilidad del territorio comprendido entre los Pastos y Popayán. 3. Serán atribuciones del Prefecto General del distrito del Sur las designadas al Prefecto General del distrito del Magdalena, por decreto de 24 de diciembre del año último, sin perjuicio de las demás atribuciones que se le declaren específicamente, si fuere menester. 4. El General Flores como Prefecto General, conservará el mando en jefe del ejército del Sur. Quito, 28 de octubre de 1829 - Simón Bolívar". SIGNIFICADO DEL DECRETO El número 3 dice que se conceden al General Flores las atribuciones del prefecto del Magdalena de 24 de diciembre 1828. Estas eran amplísimas, según vemos en la Gaceta de Colombia, N° 402. En compendio se dice que le compete autoridad civil y militar. En lo civil, promover la agricultura, industria, comercio, dictando las providencias convenientes. Le corresponde exponer al gobierno las medidas oportunas que se ofrecieren. Supervisar la administración de justicia; y requerir informes de los tribunales. Supervigilar a la policía. Proveer empleados o suspenderlos, pero dando cuenta al gobierno. En lo militar debe preservar la seguridad y paz interna y externa de su territorio. Mas tratándose de un distrito que ha sido invadido, y corría el riesgo de serlo de nuevo, el Prefecto queda investido de las facultades extraordinarias dictadas por el congreso, a 28 de julio de 1824, cuando, según se decía, se declaraba a una provincia en estado de "asamblea". El prefecto o gobernantes de una provincia declarada en "asamblea" podía exigir contribuciones ocasionales en esa provincia (Art. 2), alistar tropas, otorgar recompensas, expulsar del territorio a los desafectos al sistema sin las formalidades legales; otorgar indul- tos, conceder ascensos militares. De todo lo cual debía informar al gobierno. (G.C. 152) Como es fácil de ver, se trata de facultades tan amplias, que sólo se podían poner en manos de personas en alto grado discretas, pulcras y seguras. Bolívar que conoció y trató por largos años al General Flores, lo creyó capaz de ejercerlas convenientemente para bien de la ciudadanía. De tal manera usó de estos poderes el Prefecto Flores, que se hizo merecedor, seis meses más tarde, el 13 de mayo de 1830, a que todo el país, en plebiscito unánime, por medio de sus cabildos ampliados de todas las ciudades y cantones, lo eligieran gobernante o jefe supremo, en momentos de trascendencia única para la nación, cuando el antiguo Reino de Quito asumía la autonomía total, culminando la senda del 10 de agosto del año nueve. En momentos en que podía sufrir invasiones o anexiones de los vecinos del norte o del sur; en horas en que se necesitaba un jefe que impusiera respeto a esos estados limítrofes: un hombre que dirigiera con acierto y cordura las fuerzas que democráticamente modelaban la configuración de la nación y del estado que nacía. Ya en otra ocasión, a 11 de noviembre del 27, en los azarosos días de la invasión de la Tercera División soliviantada en Lima, el Libertador otorgó facultades parecidas al General de División J.J. Flores: "Se declaran provincias de asamblea los departamentos de Guayaquil, Ecuador y Azuay. Se nombra Comandante en Jefe de las fuerzas existentes en ellas al GeneralJ.J. Flores, en quien delega el gobierno las facultades extraordinarias usuales ". (Decretos del Libertador) Y sea esta la ocasión de insistir en la estima que manifestó el Libertador por su fiel amigo Juan José, la cual se volvió más afectuosa en los últimos años de su vida. Lo apreciaba como a militar y General, como a gobernante y político; pero sobre todo como a caballero dotado de altas cualidades humanas y morales.

En 1827 le escribió: , -, c "La conducta de Ud. me ha dejado como siempre satisfecho; y sin duda Ud. ha sido el genio que ha hecho cambiar el triste cuadro que presentaba aquel país. Ud. es el hombre del Sur: Sus talentos, su valor, sus nobles ideas son el más firme apoyo del gobierno". Expresiones parecidas tuvieron en honor del General Flores el Mariscal Sucre, y más tarde Vicente Rocafuerte y el presidente Gabriel García Moreno. Mas un defecto encontró en él Bolívar, y se lo dice: "Estoy encantado con Ud., pero estoy también enfadado porque es más bueno de lo que debe ser un militar y un político". ( 18-03-27) Esta advertencia se la da, porque ve que Flores perdona y olvida graves actitudes de adversarios políticos. Y Bolívar lo alecciona: "Nunca, nunca, tendré confianza en los traidores; y le aconsejo a Ud. que haga lo mismo ". Pero Juan José no se mostró obsecuente con el consejo del Libertador; no pudo cambiar su naturaleza y condición: hiuchas veces no sólo olvidó el encono del adversario, sino que se propuso amistarlo usando sus dotes de conquistador de voluntades. Se lo volvieron a reclamar y poner en guardia personas como Vicente Rocafuerte y Manuelita Sáenz. Rocafuerte celebra su generosidad con los vencidos en Mi-ñarica: "La clemencia que Ud. ha desplegado después del más glorioso triunfo realza el brillo de la victoria, y lo hace acreedor a la gratitud y admiración de todos los hombres que saben sentir y pensar". (12-02-35) ,, .,..,• Pero una y otra vez le advierte que hay enemigos inconquistables y disimulados, que en la primera ocasión desfogan su saña incurable. (17-07-40) Manuela Sáenz, que con inteligente mirada protegía desde Paita la seguridad del Ecuador y su gobernante el Presidente Flores, al verlo tan confiado en sus dudosos y traidores amigos, pierde la paciencia y le increpa: ¡Pero qué es esto, Señor! Parece que Ud. estudia en buscar malvados para emplear, Ud. siempre cría cuervos para que le saquen los ojos. ¡Qué rabia me hace usted tener: a veces quisiera que fuese mi hijo, para regañarlo bien! (30-01-43; 22-10-43) A .,- .,. Así hablaban estos testigos contemporáneos; ¿qué valor tienen ante estos juicios las opiniones de adversarios antiguos o modernos de Flores, que lo han llamado "tirano", o que se afanan en hallar víctimas imaginarias de su gobierno? ,, Juan José Flores, por su parte, encareció también su recta conducta cuando ejercía las amplísimas y dictatoriales facultades arriba señaladas, pidiendo un "juicio de residencia" al propio Libertador: "Mucho celebro que mis gratuitos enemigos hayan conocido al fin, que para gozar del don apreciable de la paz, es menester antes hacer algunos sacrificios. Digo mis gratuitos enemigos, porque hallo en mi conciencia que no los he ofendido. Ahora que V.E. está en Quito puede preguntar a cualquiera de ellos: si alguna vez he tratado mal a ningún ciudadano, si he decretado algún arresto o severas reprimendas, si alguna vez les he pedido algo para mí; y en fin que funden una sola queja". (25-03-29) La historia que vamos fundamentando en documentos incontrovertibles se encarga de ir perfilando la auténtica imagen del Prefecto General del Sur, escogido por Bolívar; ella le retratará sobre el fondo de las circunstancias de la época belicosa y áspera que fue el clima ordinario en que le tocó actuar, cuando todo se disponía bajo un código militar de tiempos de guerra, cuando todos los jefes condenaban a los azotes y al fusilamiento a sus propios soldados. , Bastará una cita para confirmarlo. Al llegar el General Antonio José de Sucre a Cuenca, en camino al Pichincha, conduciendo al Ejército Libertador, al enterarse de ciertos desmanes de sus soldados, decretó lo siguiente, a 29 de marzo de 1822: "El soldado que tomare a cualquier ciudadano el valor de un real sufrirá la pena de doscientos palos. Y el que robare el valor de más de un peso, será castigado con la muerte ". (Arch. de Sucre, 2, 84-Caracas, 1974)