Se ha escrito que Juan José Flores, ansioso de ilustración, se dedicó al estudio del latín y filosofía, de literatura y ciencias políticas, con tal aplicación que descuidó sus deberes gubernamentales. Lo que consta sobre el tema es aquello que revela su gran amigo, José Joaquín de Olmedo, en sus cartas. Por ellas vemos que recibía consejos, se prestaban libros, hablaban y discutían de letras en las pocas ocasiones en que se encontraban en Guayaquil o Babahoyo; otras veces intercambiaban comentarios por cartas. Todo eso descubre el gran interés de Flores por adquirir ilustración bajo tan excelente maestro. Y algo más: Olmedo revisaba con sumo empeño las producciones de Juan José. Sabemos que sometió a su examen el Mensaje a las Cámaras de 1831, que fue corregido con generosidad. Le dice que un documento de esa clase debía distinguirse "por la claridad y la verdad", dejándose de más ornatos. Años adelante, como veremos, corrigió severa y magistralmente las composiciones en verso de su discípulo Juan José. En 1833, cuando se aproximaba el término de la administración presidencial, y sobreponiéndose al disgusto con el Ministro de Hacienda, García del Río, cree Olmedo llegado el tiempo de dedicarse ambos, en LaVirginia, al estudio de las letras. Pero ya de inmediato empieza por aconsejarle que aprenda el idioma francés, en el cual encontraría todas las obras maestras imaginables. Más adelante se ofrece a enseñarle el latín, ya que Flores dominaba bien y gramaticalmente el idioma nativo, el castellano, base de la lengua del Latium. El latín, pues, aprendería terminado el período presidencial. Escuchemos los consejos y normas pedagógicas del vate gua-yaquileño, que tenía tanto anhelo por enseñar, como Flores por aprender: "Es necesario que Ud. se aplique primeramente al francés; que por ser el más general, sin ser más noble y bello, y por ser el depositario de todas las artes, de todas las ciencias y de todos los monumentos de la antigüedad —sin ser por eso ni más rico ni más poético—, puede suplir de alguna manera la falta de las demás lenguas vivas. La viva voz del maestro no es suficiente; es preciso que Ud. piense, lea, estudie, por sí mismo; tampoco debe Ud. tener el preceptor como a un pedagogo; ni se lo ha de colgar al cinturón en lugar de la espada; ni ha de acostarse en el lugar de la bella y amorosa Mercedes. (Digo esto, porque Ud. es amigo de estudiar a la madrugada)". (28-IV-3 3 A.F.) Mucho se ha hablado sobre los estudios o la falta de estudios del primer Presidente. Ciertamente él, igual que Antonio José de Sucre, y tantos otros proceres de la independencia, empezaron la vida militar apenas salidos de la niñez, a los trece años, como refiere el Gran Mariscal. Lo que aprendían en los campamentos era táctica, correspondencia militar, arte de gobernar, y legislación práctica; debían ser duchos en logística, en economía aplicada, porque habían de ser jefes militares y también civiles. Les faltaba, en cambio, la formación regular en los colegios y universidades, que se dedicaban a los idiomas, a la gramática, al latín, a las matemáticas, y ciencias sociales. Esto segundo trató de suplir Juan José, con extraordinario empeño, mediante la lectura personal, llegando a ser un caballero sumamente erudito, como se descubre en sus cartas, descollando en historia y ciencias económicas. Trató de aventurarse por la versificación y la poesía, con la ayuda del pindárico Olmedo; llegó a tener buen criterio y gusto literario, pero no pasó de allí. Y en cuanto a las clases de latín: "Hablando de idiomas diré a Ud. que uno de los jardines que me había formado para cuando rusticásemos en la Elvira, era enseñarle a Ud., el latín, cuya falta con nada puede suplirse. Nadie piense conocer a Cicerón, Livio, Tácito... a Virgilio u Horacio, aun leyéndolos en las mejores traducciones... Y yo me adulo con la idea de que pudiera enseñárselo en pocos meses". (Olmedo, 14-XII-32) Por todo lo dicho anota don Jacinto Jijón: "Ya a los 23 años poseía espíritu bastante cultivado, pues, en contraposición de lo que se ha dicho de su defectuosa formación intelectual en la adolescencia, era uno de los militares más ilustrados del ejército". (Política Conservadora. 2, pp. 233-243)