Según datos proporcionados por Olmedo, las cosas ocurrieron así: Olmedo remitió los informes solicitados por García; pero el Ministro no se sintió satisfecho: estimaba que no eran exactos; más aún, que se exageraban las deudas, y se ocultaban las fuentes de ingreso. Reclamaba con inusitada aspereza. Y se permitió publicar los informes con acotaciones desagradables. Se irritó don José Joaquín; tanto más que estaba molesto porque ciertos acreedores lo acosaban y decían que estaban protegidos por el Gobierno; uno de ellos, Iturburu, le dijo "con altanería y mofa: 'que si no se le concedía en Guayaquil lo que pedía, acudiría a Quito, donde con menos palabras y menos dinero conseguiría cuanto quisiera'. Replicó enfadado Olmedo que: "...si el Gobierno le diera órdenes perjudiciales al país cedería a otro la dura necesidad de cumplirlas; que no necesitaba mantenerse en un cargo que no daba honra ni provecho". Llegó a oídos de Flores y García este desahogo, y ambos lo llevaron muy a mal; entendiendo que Olmedo los acusaba de favoritismo injusto; y se cruzaron las más desabridas cartas entre los compadres: "Señor Presidente: el Gobierno no es impecable como los sultanes, ni infalible como el Papa ". Y Flores: "que todo funcionario tiene derecho a renunciar, cuando no le plazcan las personas que componen la administración ".

Podríamos excusar a los dos, con las razones de que la pobreza y la decadencia de las finanzas del Puerto —y no la poca habilidad administrativo de Olmedo— eran las causantes de estas angustias y desazones. Pero ellos no buscaron excusas, y vino la renuncia con una carta larga, desabrida, que por un infortunio fue a manos de Pedro Moncayo que Ja publicó en el El Quiteño Libre, con maliciosos comentarios. Ventajosamente, para ellos y para el país, el disgusto duró poco tiempo, y volvieron a estar unidos en amistad y colaboración en las difíciles circunstancias que se aproximaban.